14 mai 2021

Explorer la génétique microbienne des pommes et des chênes

Des chercheurs soutenus par l’UE ont enrichi leurs connaissances scientifiques sur les bactéries et les champignons vivant sur et à l’intérieur des plantes. Ils ont constaté que les communautés microbiennes de la pomme varient d’une région à l’autre et que les plants de chêne héritent des gènes microbiens des glands.
Pour pouvoir nourrir une population mondiale croissante, nous avons besoin de rendements plus élevés de cultures résistantes aux maladies et robustes qui puissent être cultivées sur la même superficie de terres. Pour améliorer les cultures, les chercheurs ont séquencé les génomes des plantes ainsi que des bactéries, champignons et autres microbes qu’elles hébergent.

Une étude mondiale menée avec le soutien du projet Apple-Biome, financé par l’UE, contribue désormais à cette réserve de connaissances, recelant des informations précieuses sur le microbiome — le matériel génétique des microbes vivant sur et à l’intérieur — des pommes domestiquées. Les résultats de la recherche ont été publiés dans la revue «Environmental Microbiology».

La pomme est l’un des fruits comestibles les plus populaires au monde et peut se conserver jusqu’à 12 mois en chambre froide. Il est donc vital d’empêcher la propagation d’agents pathogènes après la récolte pendant cette période pour garantir la qualité et la sécurité du fruit. Dans son étude, l’équipe de recherche a examiné le microbiome de la pomme Royal Gala en se concentrant sur la composition et les différences régionales probables dans le microbiome de cette variété.

Les résultats ont montré que la composition et la structure des communautés fongiques et bactériennes de la pomme lors de la récolte varient d’une région à l’autre et dépendent largement du climat et des pratiques de gestion de la région. En outre, la diversité fongique variait considérablement dans les pommes récoltées dans différents endroits géographiques, ce qui laisse penser qu’un lien possible existe entre l’emplacement et le type et la fréquence des maladies post-récolte dans chaque pays. «Malgré les variations observées dans le microbiome de la pomme, nous avons quand même pu identifier un microbiome dit “central”, c’est-à-dire des membres du microbiome partagés globalement entre les pommes», observe l’auteur principal de l’étude Ahmed Abdelfattah de l’Université de technologie de Graz en Autriche qui coordonne le projet Apple-Biome, dans un communiqué de presse publié sur le site web «EurekAlert!». «Ce microbiome “central” mondial est représenté par plusieurs indicateurs microbiens bénéfiques et constitue une grande partie de la communauté microbienne du fruit.»

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