13 jul 2018

Recourir à l’exploitation des données pour faciliter l’identification des clusters de gènes

Un serveur Internet actualisé va permettre d’améliorer l’analyse du matériel génétique. Il aidera les chercheurs à optimiser les bactéries pour la production industrielle de nouveaux antibiotiques, de vitamines et de composés liés aux produits alimentaires.
Les peptides synthétisés par la voie ribosomique et modifiés post-traductionnellement (RiPPs), une classe de diverses molécules bactériennes biologiquement actives, ont été sous les feux de la rampe dernièrement du fait de leur vaste potentiel en matière d'applications thérapeutiques. Bien qu’elles puissent sembler peu familières, les bactériocines constituent une famille de molécules qui a été largement mise à profit dans l’industrie alimentaire au cours des dernières décennies.

Par exemple, la nisine, une bactériocine dotée de propriétés antimicrobiennes, est utilisée comme agent de conservation d’origine biologique dans les produits laitiers, les conserves et la charcuterie. Ces dernières années, ses applications se sont également étendues au champ biomédical.

Pour faciliter les recherches en matière de RiPPs et de bactériocines, une équipe de scientifiques, en partie soutenue par le projet Rafts4Biotech financé par l’UE, a présenté la dernière version d’un outil logiciel sur Internet appelé BAGEL. L’équipe a récemment publié les caractéristiques du serveur Internet BAGEL4 dans la revue «Nucleic Acids Research». Comme expliqué dans l’article, les serveurs Internet d’exploitation des données pourraient se révéler utiles pour «repérer les origines génétiques d’une activité antimicrobienne observée et par conséquent pour en identifier la structure chimique associée». Cela implique de recourir à des techniques d’exploitation des données et à des algorithmes pour extraire des informations directement depuis Internet.

Les chercheurs expliquent que BAGEL4 est un serveur Internet «qui confère aux utilisateurs la capacité d’identifier et de visualiser des clusters de gènes dans l’ADN procaryote impliqués dans la biosynthèse des RiPPs et des bactériocines (non modifiées)». Sa contribution pourrait également être étendue aux données de séquençage de l’acide ribonucléique. «Globalement, BAGEL4 a été actualisé et doté de nouvelles fonctions; il est plus facile d’utilisation et permet d’exploiter les données liées aux bactériocines et aux RiPPs de manière fiable, rapide et pratique.»

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