27 sep 2018

Des outils automatisés au service de la recherche en biologie synthétique

Un nouvel outil assisté par ordinateur pourrait aider à concevoir et à synthétiser des structures à base d’ADN de manière rapide et efficace.
La biologie synthétique est un secteur qui se développe rapidement et dont le futur semble prometteur dans de nombreux domaines d’application, de la recherche sur le comportement des cellules cancéreuses à la réduction de l’empreinte carbonique. Cette discipline implique la conception et la construction de nouvelles entités biologiques, telles que des enzymes ou des cellules, autant que la reconstitution de systèmes biologiques existants. De ce fait, les technologies d’assemblage d’ADN jouent un rôle essentiel dans les progrès à court terme de la biologie synthétique.

Des travaux réalisés en collaboration par des partenaires académiques et industriels supportés par TOPCAPI, projet financé par l’UE, ont conduit au lancement d’un nouvel outil d’assistance à l’assemblage d’ADN dénommé MoCLO.

Comme l’indique un communiqué de presse publié par «Bio-IT World», ce nouvel outil «permettra aux spécialistes en biologie synthétique de concevoir et de synthétiser rapidement des structures de niveau 0 MoCLO CIDAR, à partir de centaines de pièces biologiques standards validées ou en utilisant des séquences d’ADN». Grâce à l’automatisation de cette étape, «le temps nécessaire aux biologistes synthétiques pour concevoir des structures à base d’ADN sera réduit et l’efficacité de leurs recherches en sera accrue». Le communiqué de presse souligne également que cet outil sera particulièrement intéressant pour les biologistes synthétiques en début de carrière.

Des usines cellulaires

Le projet TOPCAPI (Thoroughly Optimised Production Chassis for Advanced Pharmaceutical Ingredients), en cours, a pour objectif d’exploiter le potentiel biosynthétique des bactéries actinomycètes. Comme le résume le site web du projet, il s’agit de mettre au point des usines microbiennes de production de cellules à forte valeur pharmaceutique. Ces micro-organismes ou usines cellulaires sont indispensables à la fabrication de la plupart des antibiotiques disponibles aujourd’hui. En fait, les actinomycètes sont la source de production de 80 % des produits naturels à l’origine des antibiotiques commercialisés. Les séquences de leur génome montrent qu’elles fournissent collectivement le plus vaste ensemble de métabolites secondaires. «Par conséquent, les actinomycètes sont optimisés du point de l’évolution pour être des producteurs de substances naturelles, ce qui en fait potentiellement les meilleurs hôtes pour la production de composés hétérologues à forte valeur».

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